La Legge 127/1997 (la cosiddetta Bassanini bis) ha trasformato in maniera radicale la figura del Segretario Comunale che non è più un funzionario statale, ma un dirigente o funzionario (a seconda dell'importanza del Comune) iscritto ad un Albo che viene gestito da un'Agenzia nazionale autonoma. Il Segretario dipende contemporaneamente dall'Agenzia nazionale e dal Sindaco, ma da quest'ultimo solo in relazione alle funzioni svolte (dipendenza funzionale). Il Sindaco infatti, che procede alla sua nomina ad inizio mandato, ha il potere di revocarlo solo per violazioni dei doveri d'ufficio.

Alla scadenza del mandato del Sindaco il successore può decidere, entro il termine di 120 giorni, se confermare il Segretario in carica o scegliere un altro tra gli iscritti all'Albo. Qualora non riconfermato, il Segretario può essere assegnato ad altri comuni o alla stessa Agenzia (che ha proprie sedi in ogni Regione).

Le funzioni del segretario sono disciplinate dall'art. 68 della Legge 127/1997. Garante della legalità e della correttezza amministrativa e "notaio" dell'amministrazione, collabora con gli altri organi del Comune e li assiste sotto il profilo giuridico-amministrativo in ordine alla conformità dell'azione amministrativa alle leggi, allo Statuto ed ai Regolamenti. Assiste e cura la verbalizzazione delle sedute della Giunta e del Consiglio e svolge funzioni notarili rogando i contratti dell'amministrazione e autenticando gli atti nell'interesse dell'Ente. Altre funzioni gli possono essere attribuite dallo Statuto comunale, dai regolamenti o conferite dal Sindaco. In molti comuni al Segretario vengono attribuite infatti le funzioni di responsabile di servizio.

Ed infine, il Segretario comunale può essere nominato, previa delibera di Giunta, Direttore Generale con compiti specifici (art. 108 T.U.E.L. 267/2000).